Topkapı Sarayı’nın üçüncü avlusunda bulunan bölüm, 2. Mahmud Dönemi’nde Kutsal Emanetler için ayrılmıştır.
Kutsal Emanetler Hz.Muhammed ile diğer bazı peygamberler ve sahabeler ile Haremeyn’e ait eşyalara denmektedir. Bu eşyaların büyük kısmı Yavuz Sultan Selim’in Mısır seferi sırasında, diğer kısmı ise Osmanlı’nın son döneminden kalmıştır.
Kutsal Emanetler arasında en fazla ilgiyi Hz.Muhammed’e ait eşyalar çekmektedir. Hz.Muhammed’in Ka’b bin Zubeyr’e hediye ettiği hırka, Uhud savaşı sırasında kırılan dişinin parçası, sakalı, yayı, asası ve ayakkabısı büyük ilgi çeker.
Hz.Musa’nın asası, Hz.İbrahim’in taştan yapılan kazanı, Hz.Yahya’nın kol ve kafatası kemikleri, Hz.Davud’un kılıcı, Hz.Osman’ın okurken öldürüldüğü Kuran, Hz.Fatma’nın hırkası, Hz.Hüseyin’in gömleği sergilenen önemli örneklerdir. Bunların dışında Kabe’ye ait eşyalar da görülebilir.
Kutsal Emanetler Bölümü Topkapı Sarayı’nın en fazla ilgi çeken bölümlerinin başında gelir.